《办法》明确了高新技术企业认定的具体程序。高新技术企业认定程序包括企业自我评价及申请、提交申请材料、合规性审查和认定、公示与备案4个步骤。

　　欲申请高新技术企业认定的企业，先登录“高新技术企业认定管理工作网”，对照认定条件进行自我评价。认为符合认定条件的，企业可向认定机构提出认定申请，报送认定申请书、知识产权证书、近3个会计年度研究开发费用情况表等证明企业符合认定条件的材料。认定机构组织专家对申报企业进行审查，提出认定意见。经认定的高新技术企业在“高新技术企业认定管理工作网”进行公示和公告后，向企业颁发统一印制的“高新技术企业证书”。

　　《办法》明确，科技部、财政部、国家税务总局负责指导、管理和监督全国高新技术企业认定工作，三部门将成立全国高新技术企业认定管理工作领导小组，各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构，负责本行政区域内的高新技术企业认定工作。以前的办法则规定，高新技术企业由科技部门认定。

　　《办法》规定，高新技术企业资格自颁发证书之日起有效期为3年。企业应在期满前3个月内提出复审申请，不提出复审申请或复审不合格的，其高新技术企业资格到期自动失效。通过复审的高新技术企业资格有效期为3年。期满后，企业想继续成为高新技术企业的，须重新认定。在资格有效期内，高新技术企业经营业务、生产技术活动等发生重大变化（如并购、重组、转业等）的，应在15日内向认定管理机构报告；变化后不符合规定条件的，应自当年起终止其高新技术企业资格。按以前办法的规定，高新技术企业只要通过复审，资格就一直有效。

　　《办法》规定，已认定的高新技术企业有下述情况之一的，应取消其资格：在申请认定过程中提供虚假信息的；有偷、骗税等行为的；发生重大安全、质量事故的；有环境等违法、违规行为，受到有关部门处罚的。被取消高新技术企业资格的企业，认定机构在5年内不再受理该企业的认定申请。

　　企业取得高新技术企业资格后，可到主管税务机关办理减税、免税手续。享受减税、免税优惠的高新技术企业，减税、免税条件发生变化的，应当自发生变化之日起15日内向主管税务机关报告；不再符合减税、免税条件的，应当依法履行纳税义务；未依法纳税的，主管税务机关应当予以追缴。同时，主管税务机关在执行税收优惠政策过程中，发现企业不具备高新技术企业资格的，应提请认定机构复核。复核期间，可暂停企业享受减免税优惠。

　　作为《办法》附件发布的《国家重点支持的高新技术领域》，将电子信息技术、生物与新医药技术、航空航天技术、新能源及节能技术、资源与环境技术等6大类技术和高技术服务业、高新技术改造传统产业确定为国家重点支持的高新技术领域。