除另有规定外，涉案发票的票面合计金额在1000万元以上不满5000万元的，由市（州）稽查局组织协查；票面合计金额在5000万元以上不满1亿元的，由省、直辖市、自治区和计划单列市（以下简称省）稽查局组织协查；票面合计金额在1亿元以上的，由国家税务总局稽查局组织协查。

　　《增值税抵扣凭证协查管理办法》共分为七章三十二条，自发布之日起施行。原《增值税专用发票协查管理办法》、《协查信息管理系统暂行管理办法》、《金税工程稽查部门岗位设置及职责（试行）》、《协查信息管理系统安装节点变更制度》、《金税工程协查信息管理系统机外工作规程》同时废止。