2007年甘肃省管辖的2.7万户所得税纳税人中有玉米制种企业61户。其中，张掖市所占比例较大，共有21户，企业所得税申报表显示，21户玉米制种企业2005年的销售额突破6亿元，而上缴所得税仅62万元。多数企业账面反映亏损，所得税税负仅为0.1%。

　　农民增收、企业增利但不增税的问题，引起了甘肃省国税局的重视。他们将张掖市甘州区制种行业列为纳税评估的重点对象，针对制种行业的特殊性，建立了制种行业所得税纳税评估模型，统一规范了制种行业税收管理。

　　税务人员为获得制种行业详细的信息资料，落实企业制种面积，先后到玉米制种站、农业局和种子执法大队、公证处等单位开展外围调查，取得了企业申报的相关信息：2005年张掖市甘州区实际参与玉米制种的企业有21户，申报制种面积为41.2万亩。在此基础上，税务人员又利用企业向种子管理部门的申报资料，先后到乡镇、村社详细调查，发现实际制种面积明显高于申报面积。

　　税务人员通过向制种行业技术人员咨询、请教，查阅专业资料，测算出了玉米制种企业共性的计算参数指标，并准确测算出玉米制种企业的实际销售收入。为印证数据资料的准确性，进一步扩大调查范围，甘肃省国税局获得了1户经国家审计部门审计的国有玉米制种企业和1户国有农业重点龙头企业的相关资料，并与前期取得的数据进行了比对，证明各项参数指标一致，为玉米制种企业纳税评估提供了权威行业参数指标值。

　　通过对玉米制种企业的投资规模、财务核算和外部信息资料的综合分析，甘肃省国税局选择了具有代表性的大、中、小三类玉米制种企业作为纳税评估的突破口。

　　在大型玉米制种企业中，某企业以杂交玉米种子生产、加工为主营业务，兼营其他农作物种子生产销售。经过分析对比，税务人员发现这户企业存在许多疑点：企业成本率高达91.56%，而制种行业的平均成本率为72%，两者相差近20%；企业利润率只有1.02%，而制种行业的平均利润率为32.5%，两者相差近32倍；企业所得税负担率只有0.15%，而制种行业的所得税负担率正常值在2%～5%之间。税务人员通过测算得出企业实际销售成本应为9547万元，与实际申报销售成本1.02亿元相差680万元，可能存在虚增成本、扩大税前扣除范围的问题。

　　针对评估中发现的疑点问题，税务人员将疑点逐项列出并书面通知企业进行举证说明。通过约谈，企业财务人员承认，由于存在对税收政策掌握不清等原因，企业确实有虚列成本、少计销售收入等问题。

　　经过税务部门的调查测算、约谈举证和实地核查，再加上企业自查，最后这家企业共调增应纳税所得额1126万元，补缴企业所得税168.9万元。企业所得税税负率由原来的0.1%上升到现在的1.7%。

　　在对大型企业实施纳税评估的基础上，甘肃省国税系统还分别对中型企业和小型企业的2户制种企业进行了纳税评估。经过评估，2户企业共补缴企业所得税39.47万元。