针对全国各地时有利用假海关完税凭证抵扣税款案件发生，近期，福建省国家税务局专门下发了《福建省国家税务局关于进一步加强海关完税凭证抵扣税款管理的通知》（闽国税函[2008]212号），要求全省国家税务机关协同配合加强对比异常海关完税凭证的管理，加大海关完税凭证的检查和协查力度。为保护纳税人的切身利益，防患于未然，避免发生不必要的损失，福建省国家税务局综合纳税服务平台提醒广大纳税人注意遵守海关完税凭证抵扣的各项规定。

　　据业务部门介绍，纳税人首先应注意严格遵守取得的海关完税凭证的申请抵扣时限的规定，即在开具之日起90天后的第一个纳税申报期结束以前，向主管国税机关申报抵扣。根据国家相关规定，纳税人若逾期既不得采集《海关完税凭证抵扣清单》，也不得抵扣进项税额，从而纳税人间接造成税款的损失。

　　其次应注意根据海关完税凭证票面内容，认真细致地逐票填写《海关完税凭证抵扣清单》。按照现行规定，《海关完税凭证抵扣清单》将在纳税人进行增值税纳税申报时随同纳税申报表一并报送主管国税机关。纳税人除报送《海关完税凭证抵扣清单》纸质资料外，还需同时报送《海关完税凭证抵扣清单》电子数据。未单独报送电子数据的，其进项税额将不被准予抵扣。若纳税人填写差误，申报时被主管税务机关审核有误或事后稽核比对出现不符，主管税务机关将要求纳税人对申报不符合海关编码规则的清单执行修改、重报，并暂缓抵扣相应的增值税进项税额；对比对结果异常的海关完税凭证将启动审核检查管理程序对纳税人实施必要的涉税检查，界时，纳税人需提供海关增值税完税凭证、海关关税完税凭证、海关报关单、支付海关增值税、海关关税的付款凭证（银行对账单）等纸质资料原件和复印件（原件经主管国税机关审核后退还纳税人，复印件作为申报资料留存）；若上述相关单证不齐全的，暂不得作为抵扣凭证，且主管国税机关根据工作需要将派人进行实地核查，提出核查处理意见报批后实施。主管国税机关对稽核比对“不符”、“缺联”和“重号”的海关完税凭证均将逐票核查。

　　此外，对辅导期新办商贸企业一般纳税人取得的海关完税凭证，主管税务机关将按照《国家税务总局关于加强新办商贸企业增值税征收管理有关问题的紧急通知》（国税发明电〔2004〕37号）文件的规定实行“先比对后抵扣”。主管国税机关对比对结果为“相符”的海关完税凭证可允许其申报抵扣，对比对结果异常的海关完税凭证将进行审核检查。对于辅导期新办商贸企业以外的一般纳税人取得省内海关开具的海关完税凭证，比照增值税纳税申报“一窗式”比对办法，主管税务机关将对纳税人申报时申请抵扣的省内海关完税凭证抵扣清单与福建省国家税务局建立本省海关完税凭证信息独立数据库信息进行比对，比对相符的允许抵扣进项税额，比对异常的除A类一般纳税人外暂不予抵扣进项税额，核查后进行处理。

　　据了解，加强海关完税凭证抵扣管理是国家打击不法份子利用虚假增值税抵扣凭证骗取国家税款而采取的税收管理措施。