新企业所得税法实施后，内外资企业的企业所得税处理趋于一致，但原一些过渡性的优惠政策还在实施，如生产性外商投资企业的“两免三减半”优惠政策等。目前，新的经济形式下，企业合并等重组之风日盛，特别是《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）（以下简称59号文）的出台，将企业重组区分为一般性税务处理和特殊性税务处理，特殊性税务处理可将企业应纳的税款后移，这更加大了企业想并购重组的想法，但享受优惠过渡的外资企业在选择合并重组方式时，应三思而后行：或被要求补交已免缴的税款。

　　根据财税[2009]59号文件的规定，合并，是指一家或多家企业（以下称为被合并企业）将其全部资产和负债转让给另一家现存或新设企业（以下称为合并企业），被合并企业股东换取合并企业的股权或非股权支付，实现两个或两个以上企业的依法合并。

　　合并可分为吸收合并和新设合并两种方式。吸收合并是指两个以上的企业合并时，其中一个企业吸收了其他企业而存续（对此类企业以下简称"存续企业"），被吸收的企业解散。例如：A、B公司因业务开展有需要进行重组，A公司购买B公司的全部资产和负债转，B公司解散。此种情形为吸收合并，B公司为被合并企业，A公司为合并企业，且为存续企业。新设合并是指两个以上企业并为一个新企业，合并各方解散。如上例：现A公司和B公司将全部资产和负债转让给C公司，C公司向A、B公司的股东支付50%股权作为对价。合并完成后，A公司和B公司均解散。在该新设合并中，A公司和B公司为被合并企业，C公司为合并企业。

　　59号文将企业重组区分不同条件分别适用一般性税务处理规定和特殊性税务处理规定。

　　对于一般性的企业合并，当事各方应按下列规定处理：1.合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。2.被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。3.被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。

　　而对于特殊性的企业合并，可以选择按以下规定处理：

　　1.合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定。2.被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。3.可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。4.被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。

　　如果属于吸收合并，一般重组下合并方按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础，特殊重组下以被合并企业的原有计税基础确定。原合并方的优惠事项不会发生改变，按59号文件第九条的规定处理，即：在企业吸收合并中，合并后的存续企业性质及适用税收优惠的条件未发生改变的，可以继续享受合并前该企业剩余期限的税收优惠，其优惠金额按存续企业合并前一年的应纳税所得额（亏损计为零）计算。该条规定是对存续企业的优惠符合一定条件的情况下可以继续享受的规定。并不是对被合并企业的规定。

　　而对被合并企业，无论是吸收合并还是新设合并，一般重组下都要进行所得税清算，被合并方的优惠事项因条件的改变而不能享受。如生产性外商投资企业和外国企业的“两免三减半”优惠，根据《国家税务总局关于外商投资企业和外国企业原有若干税收优惠政策取消后有关事项处理的通知》（国税发[2008]23号）第三条关于享受定期减免税优惠的外商投资企业在2008年后条件发生变化的处理来进行处理：“外商投资企业按照《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》规定享受定期减免税优惠，2008年后，企业生产经营业务性质或经营期发生变化，导致其不符合《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》规定条件的，仍应依据《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》规定补缴其此前（包括在优惠过渡期内）已经享受的定期减免税税款。各主管税务机关在每年对这类企业进行汇算清缴时，应对其经营业务内容和经营期限等变化情况进行审核。”

　　对于国税发[2008]23号文件的规定，实质上是对《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》及其实施细则的进一步明确，该法第八条第一款规定：“对生产性外商投资企业，经营期在十年以上的，从开始获利的年度起，第一年和第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税，但是属于石油、天然气、稀有金属、贵重金属等资源开采项目的，由国务院另行规定。外商投资企业实际经营期不满十年的，应当补缴已免征、减征的企业所得税税款。”《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》第七十九条规定：“依照税法第八条第一款和本细则第七十五条规定，已经得到免征、减征企业所得税的外商投资企业，其实际经营期不满规定年限的，除因遭受自然灾害和意外事故造成重大损失的以外，应当补缴已免征、减征的企业所得税税款。”通常来讲，外商投资企业的生产经营业务性质或经营期限都直接与减免税优惠挂钩，税务机关在管理中发现外商投资企业有不符合条件的应当依法追征已减免的税款。

　　举例说明：甲、乙均是生产性外商投资企业，甲、乙均符合生产性外商投资企业经营期十年以上可以享受“两免三减半”的税收优惠政策，但甲企业的优惠期已过，乙企业的“两免三减半”优惠政策尚有三年，现甲企业吸收合并乙企业，请问能否由甲延续享受乙尚未享受完的税收优惠政策？是否可以认为，将吸收合并视为一种可以持续经营的行为，其原来的税项可以由合并后的存续企业承继？这里，甲企业也是生产性外商投资企业，乙企业被整体吸收合并后，性质并未发生改变，所以存续的甲企业可以享受乙企业的税收优惠政策。

　　笔者认为，作为两个独立的纳税人，不能因吸收合并而改变各自的税务处理。合并后甲企业不但不能继续享受乙企业的税收优惠政策，而且乙企业还须补缴此前（包括在优惠过渡期内）已经享受的定期减免税税款。

　　另外，外商投资企业并不因是分支机构而无需返还已纳的税款，如一公司是生产型外商投资企业的分公司，刚注册2年半，现决定要注销，但总公司未满10年，在总公司不注销的情况下，分公司注销，分支机构属汇总纳税的企业，分公司所享受的二免三减半的所得税优惠政策免交的所得税在注销时是否也需要返还？

　　根据原法的规定，分公司是可以享受优惠的，分公司注销，其原享受的优惠不能再享受，要补缴已减免的税款。这一点与新企业所得税法下的汇总纳税无关。换个角度说，新企业所得税法下，对可以享受优惠过渡的外资企业，如果是分支机构，也不会因汇总纳税而不能享受过渡优惠，所以分支机构如果不再符合优惠条件，也要补缴已减免的税款。