《办法》所称土地增值税清算（下称“清算”），是指房地产开发企业（下称“纳税人”）在符合清算条件后，依照税收法律、法规及土地增值税有关政策规定，计算房地产开发项目应缴纳的土地增值税税额，并填写《土地增值税纳税申报表》，向主管税务机关提供有关资料，办理清算手续，结清该房地产项目应缴纳土地增值税税款的行为。

　　《办法》提到，纳税人符合下列条件之一的，应进行土地增值税清算：房地产开发项目全部竣工、完成销售的；整体转让未竣工决算房地产开发项目的；直接转让土地使用权的。

　　符合上述条件的纳税人应在满足条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续，也可自愿委托符合资质的税务中介机构对房地产开发项目进行土地增值税清算鉴证。纳税人清算土地增值税时应提供的清算资料包括：厦门市土地增值税纳税申报表及《收入和扣除项目明细表（按年度统计）》、《收入和扣除项目明细表（按年度统计）》。房地产开发项目清算说明，主要内容应包括房地产开发项目立项、用地、开发、销售、关联方交易、融资、税款缴纳等基本情况及主管税务机关需要了解的其他情况。项目竣工决算报表、取得土地使用权所支付的地价款凭证和契税完税凭证、国有土地使用权出让合同、银行贷款利息结算通知单、项目工程合同结算单、商品房购销合同统计表、销售明细表、预售许可证等与转让房地产的收入、成本和费用有关的证明资料。主管税务机关需要相应项目记账凭证的，纳税人还应提供记账凭证复印件。主管税务机关要求报送的其他与清算有关的资料。纳税人委托税务中介机构审核鉴证的清算项目，还应报送中介机构出具的《土地增值税清算税款鉴证报告》。

　　《办法》同时明确了非直接销售和自用房地产的收入确定问题。纳税人将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产，其收入按下列方法和顺序确认：按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定；由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格确定。房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用。

　　纳税人应准确核算取得土地使用权支付金额和土地征用及拆迁补偿费：纳税人为取得土地使用权所支付的契税计入“取得土地使用权所支付的金额”，准予扣除。对纳税人逾期开发补缴的土地出让金，允许计入为取得土地使用权所支付的款项，准予扣除，但纳税人缴纳的土地闲置费、滞纳金和罚款不得扣除。同一宗土地有多个开发项目，纳税人应按合理、合规的方法分摊土地成本，准确计算各项目所占的土地面积和土地成本。纳税人应准确核算取得土地使用权支付金额以及土地征用及拆迁补偿费，支付的拆迁补偿费应与拆迁（回迁）合同和签收花名册或签收凭证相对应且已实际发生。对纳税人无偿或以较优惠价格归还给搬迁户的，应视同销售计算其收入。对等面积安置部分，其收入按安置房的价格计算，具体金额包含重置价和补差价。对于回迁房的开发成本按等面积安置部分确认的收入为扣除额。纳税人采取异地安置的，异地安置的房屋价值按厦门市政府公布的当年安置房价格视同货币安置计入开发成本。货币安置拆迁的，纳税人凭合法有效凭据计入开发成本。

　　纳税人开发建造的与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场（库）、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通讯等公共设施，按以下原则处理：建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可扣除；建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可扣除；建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。另纳税人销售已装修的房屋，其装修费用可以计入房地产开发成本。

　　对于县级以上人民政府要求纳税人在售房时代收的各项费用，代收费用并入房价向购买方一并收取的，应将代收费用作为转让房地产所取得的收入计税，在计算扣除项目金额时，可予以扣除，但不得作为加计扣除的基数。代收费用在房价之外单独收取且未计入房地产价格的，不作为转让房地产的收入，在计算增值额时不计入扣除项目金额。

　　土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的（下称清算后再转让），纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算：单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积

　　土地增值税清算后收取的清算时已转让房地产的补面积差款项直接作为增值额，按清算时确定的适用税率计算缴纳土地增值税。纳税人清算后再转让房地产应按月区分普通住宅和非普通住宅分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。纳税人清算后再转让房地产的，对于买卖双方签订的房地产销售合同有约定付款日期的，纳税义务发生时间为合同签订的付款日期的当天；对于对采取预收款方式的，纳税义务发生时间为收到预收款的当天。在签订合同时，可按合同约定的销售额按《办法》计算增值额、增值率和应纳土地增值税，再根据各期收入占销售额的比重分期申报缴纳土地增值税。